El Coto Micológico de La Pedriza y la Hoya de San Blas se caracteriza por su geologíacompuesta principalmente de granitos ígneos y gneises o esquistos metamórficos, formando una base de suelo de naturaleza ácida. Esta base geológica sustenta una rica vegetación, la cual varía según la altitud, y comprende encinares, robledales, pinares, piornos y fresnos, entre otros. Estas formaciones vegetales crean condiciones óptimas para el desarrollo de una amplia variedad de especies de hongos, de interés tanto gastronómico como cientifico.

De entre todos estos hábitats, destaca la presencia de los pinares, principalmente los formados por el pino albar o silvestre, con más de 2.000 has de superficie.